安徽农业科学

2010, v.38;No.302(13) 6803-6804

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烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类
Statistical Characteristics of Complete Tobacco Necrosis Virus Genome and Clustering

杨硕;

摘要(Abstract):

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异。[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据。

关键词(KeyWords): 烟草坏死病毒;三碱基组;概率;K-M聚类

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 湖北省“十一五”教育科学发展规划(2006B131)

作者(Author): 杨硕;

Email:

DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2010.13.088

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