安徽农业科学

2018, v.46;No.593(16) 93-96+128

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玉米β-甘露聚糖酶基因家族的生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of the β-Mannanase Gene Family in Maize

高清松;孙辉;陈国冲;韦雨亭;黄雨晴;史胜男;胥明;周建;

摘要(Abstract):

[目的]鉴定出玉米基因组中的β-甘露聚糖酶基因(MAN),并分析其进化机制和表达模式。[方法]利用拟南芥MAN蛋白序列在玉米基因组数据库以及NCBI非冗余蛋白质数据库中比对搜索,获取玉米MAN家族全部成员;通过检索植物基因组复制数据库查找玉米MAN基因的片段复制事件;利用GSDS 2.0服务器分析基因外显子/内含子结构;采用MEGA7软件极大似然法构建系统发育树;利用芯片数据分析基因在不同组织器官中的表达模式。[结果]玉米基因组中含有6个MAN基因,分布于5条染色体上。没有玉米MAN基因起源于片段复制或串联重复事件。系统发育分析将植物MAN蛋白分为3个亚族(I~Ⅲ),说明其序列已发生分化。玉米MAN基因结构较为保守,蛋白质均含有甘露聚糖酶的核心基序。玉米MAN基因具有不同的表达模式,部分基因在发育叶片中表达量较高,部分基因在减数分裂期雄穗中表达量较高,而其余基因在胚芽鞘、初生根、授粉前果穗、花丝和发育种子中表达量较高。[结论]该研究结果为进一步研究玉米MAN基因功能奠定了基础。

关键词(KeyWords): 玉米;甘露聚糖酶;基因家族;进化分析;表达分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 江苏省自然科学基金项目(BK20160429);; 江苏省大学生实践创新训练计划项目(201610323048X);; 江苏省高校自然科学研究面上项目(16KJB210001);; 江苏高校品牌专业建设工程资助项目(PPZY2015A018)

作者(Author): 高清松;孙辉;陈国冲;韦雨亭;黄雨晴;史胜男;胥明;周建;

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DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2018.16.028

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