安徽农业科学

2014, v.42;No.448(15) 4587-4590

[打印本页] [关闭]
本期目录(Current Issue) | 过刊浏览(Past Issue) | 高级检索(Advanced Search)

5种桉属植物的miRNA生物信息学预测
Bioinformatic Analysis of MicroRNA in 5 Eucalyptus Species

李崇奇;周鹏;蔡望伟;

摘要(Abstract):

[目的]识别桉树miRNA基因和寻找与桉树木质形成相关的miRNA,为进一步开展桉树遗传品质改良工作奠定理论基础。[方法]将mirBase数据库中所有植物的3 228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,并应用bioedit软件分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。[结果]共计预测到26条miRNA前体序列和19条不同的成熟miRNA序列,并发现桉树miRNA序列在碱基偏倚现象,5’端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达52.6%,而在第19碱基胞嘧啶出现频率为61.1%。靶基因预测发现3个与木质形成相关的miRNA。[结论]应用生物信息学方法首次在桉树中预测到了19条成熟miRNA序列,并识别到了3个与木质形成相关的miRNA。

关键词(KeyWords): 桉树;miRNA;EST

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 海南省研究生创新科研课题(Hyb2012-2)

作者(Author): 李崇奇;周鹏;蔡望伟;

Email:

DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2014.15.099

参考文献(References):

扩展功能
本文信息
服务与反馈
本文关键词相关文章
本文作者相关文章
中国知网
分享