土壤微生物多样性及其研究方法综述Soil Microbial Diversity and Its Research Methods
蔡晨秋;唐丽;龙春林;
摘要(Abstract):
围绕土壤微生物多样性的内涵,可将土壤微生物多样性分为遗传多样性、功能多样性、物种多样性和生态多样性4个研究层面;另将土壤微生物多样性的主要研究方法归为3类,即:传统平板培养法、生物化学方法和分子生物学方法,并分别对各方法进行介绍和评述,最后提出该领域研究的发展趋势。
关键词(KeyWords): 微生物多样性;PLFA;FISH;PCR;宏基因组学
基金项目(Foundation):
作者(Author): 蔡晨秋;唐丽;龙春林;
Email:
DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2011.28.159
参考文献(References):
- [1]FANG H,DAMODARAN P N,CAO M.Arbuscular mycorrhizal status of Glomus plants in tropical secondary forest of Xishuangbanna,Southwest China[J].Acta Ecologica Sinica,2006,26(12):4179-4185.
- [2]CHEN Z,WANG X K,DUAN X N.Ozone effects on wheat root and soil microbial biomass and diversity[J].Acta Ecologica Sinica,2007,27(5):1803-1808.
- [3]KONDAKOVA G V,VERKHOVTSEVA N V,OSIPOV G A.Investigation of microbial diversity of underground waters in monitoring deep horizons of the Earth’s crust[J].Moscow University Biological Sciences Bulletin,2007,62(2):69-75.
- [4]GREEN J,BOHANNAN B J.Spatial scaling of microbial biodiversity[J].Trends in Ecology&Evolution,2006,21(9):501-507.
- [5]杨海君,肖启明,刘安元.土壤微生物多样性及其作用研究进展[J].南华大学学报:自然科学版,2005,19(4):21-31.
- [6]DELONG E F.Microbial diversity in time and space[M].New York:Ple-num,1996:125-133.
- [7]WANG G,JIA G M,CHEN J.A review of methods for studying microbial diversity in soils[J].Pedosphere,2006,16(1):18-24.
- [8]林先贵,胡君利.土壤微生物多样性的科学内涵及其生态服务功能[J].土壤学报,2008,45(5):892-899.
- [9]WATVE M G,GANGAL R M.Problems in measuring bacterial diversity and a possible solution[J].Environ Microbiol,1996,62(11):4299-4301.
- [10]李顺鹏.环境生物学[M].北京:中国农业出版社,2002:78-86.
- [11]张薇,魏海霄,高洪文,等.土壤微生物多样性及其环境影响因子研究进展[J].生态学杂志,2005,24(1):48-52.
- [12]陈敏玲,李伟华,陈章和.不同层面上微生物多样性研究方法[J].生态学报,2008,28(12):6264-6271.
- [13]DEMOLING F,NILSSON L O,BTH E.Bacterial and fungal response to ni-trogen fertilization in three coniferous forest soils[J].Soil Biology and Bio-chemistry,2008,40(2):370-379.
- [14]阎章才,东秀珠.微生物的生物多样性及应用前景[J].微生物学通报,2001,28(1):96-102.
- [15]王海舟,张小波.分子生物学在微生物生态学中的应用[J].萍乡高等专科学校学报2009,26(3):72-75.
- [16]黄艳霞.土壤微生物多样性分析技术研究进展[J].安徽农业科学,2009,37(32):15924-15925.
- [17]章家恩,蔡燕飞,高爱霞,等.土壤微生物多样性实验研究方法概述[J].土壤,2004,36(4):346-350.
- [18]廖敏,曾路生,陈承利.污染土壤微生物群落结构多样性及功能多样性测定方法[J].生态学报,2006,26(10):3404-3412.
- [19]焦晓丹,吴凤芝.土壤微生物多样性研究方法的进展[J].土壤通报,2004,35(6):789-792.
- [20]PONDER F J,TADROS M.Phospholipid fatty acids in forest soil four years after organic matter removal and soil compaction[J].Applied Soil E-cology,2002,19:173-182.
- [21]钟文辉,蔡祖聪.土壤微生物多样性研究方法[J].应用生态学报,2004,15(5):899-904.
- [22]INSAM H.Development in soil microbidogy since the mid1960s[J].Geo-derma,2001,100:389-402.
- [23]MEDEIROS P M,FERNANDES S F,DICK R P.Seasonal variations in sugar contents and microbial community in a ryegrass soil[J].Chemo-sphere,2006,65(5):832-839.
- [24]张旭霞,刘左军,陈正宏.土壤微生物多样性的研究方法[J].安徽农业科学,2007,35(32):10373-10375.
- [25]张海龙,石竹.分子生物学技术在土壤微生物多样性研究中的应用[J].山东教育学院学报,2006,21(6):145-148.
- [26]赵光,王宏燕.土壤微生物多样性的分子生态学研究方法[J].中国林副特产,2006(1):54-56.
- [27]姚晓华.土壤微生物群落多样性研究方法及进展[J].广西农业生物科学,2008,27(S1):84-88.
- [28]周琳,张晓君,李国勋,等.DGGE/TGGE技术在土壤微生物分子生态学研究中的应用[J].生物技术通报,2006(5):67-71.
- [29]吕作鹏,陶秀祥,温洪宇,等.分子生物技术在土壤微生物多样性变化中的应用[J].洁净煤技术,2009,15(6):106-109.
- [30]高淑静,吴凤芝.PCR-DGGE技术在土壤微生物多样性研究中的应用[J].生物信息学,2007,5(4):174-175.
- [31]高启禹,徐光翠,李小英.变性梯度凝胶电泳(DGGE)在微生物多样性中的研究[J].生物学杂志,2009,26(5):80-81.
- [32]辜运富,张小平,涂仕华.变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术在土壤微生物多样性研究中的应用[J].土壤,2008,40(3):344-350.
- [33]李玉梅,姚纪元,吴静,等.PCR-SSCP技术的研究及应用进展[J].生物技术通报,2007(6):71-74.
- [34]李翔,秦岭,戴世鲲.海洋微生物宏基因组工程进展与展望[J].微生物学报,2007,47(3):548-553.
- [35]强慧妮,田宝玉,江贤章,等.宏基因组学在发现新基因方面的应用[J].生物技术,2009,19(4):82-85.
- [36]沈菊培,张丽梅,郑袁明,等.土壤宏基因组学技术及其应用[J].应用生态学报,2007,18(1):212-218.
- [37]徐晓宇,刘和.454测序法在环境微生物生态研究中的应用[J].生物技术通报,2010(1):73-77.
- [38]RONDON M R,AUGUST P R,BETTERMANN A D,et al.Cloning the soil metagenome:A strategy for accessing the genetic and functional diversity of uncultured microorganisms[J].Applied and Environmental Microbiolo-gy,2000,66:2541-2547.
- [39]TREUSCH A H,KLETZIN A,RADDATZ G,et al.Characterization of large-insert DNA libraries from soil for environmental genomic studies of Archaea[J].Environmental Microbiology,2004,6:970-980.