苹果锈果类病毒RNA序列的生物信息学分析Analysis of the Biological Information of the RNA Sequence of Apple Rust Fruit-like Virus
陈建刚;王海波;
摘要(Abstract):
[目的]为苹果锈果类病毒结构域功能的关系、复制机制、变异与进化的研究提供理论依据。[方法]应用生物信息学的方法,得到一系列苹果锈果类病毒的RNA序列,对比其核苷酸数目、碱基组成比例,并进行了多重系列对比及二级结构预测。[结果]来自不同地区的苹果锈果类病毒RNA和核苷酸数目分布在329~336bp。其中核苷酸数为330bp的种类占64.71%,其A的分布范围19.39%~20.61%,T的分布范围在18.79%~20.91%,G的分布范围在29.70%~30.61%,C的分布范围在30.00%~30.91%。用RNAstructure软件进行苹果锈果类病毒的二级结构预测,随着稳定能量级的逐渐增加,其碱基配对区逐渐减小,而茎环区却逐渐增加。[结论]RNA是生物生命活动不可或缺的重要生物大分子,其二级结构比一级结构具有更大的保守性。
关键词(KeyWords): 类病毒;苹果锈果类病毒;生物信息学分析
基金项目(Foundation): 曲靖师范学院科学研究基金项目(2008MS016)
作者(Author): 陈建刚;王海波;
Email:
DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2010.08.096
参考文献(References):
- [1]赵英,牛建新.新疆杏树苹果锈果类病毒的检测与全序列分析[J].园艺学报,2008,35(6):805-810.
- [2]DAROSJ A,ELENAS,FLORESRV.Viroids an Ariadne's thread intothe RNAlabyrinth[J].EMBORep,2006,7:593-598.
- [3]黄家风,刘升学.果树类病毒及检测技术研究进展[J].安徽农业科学,2007,35(20):6165-6167.
- [4]施圆圆,夏立秋,刘萍等.梨皱果类病毒的RT-PCR分析及鉴定[J].生命科学研究,2006,8:85-91.
- [5]FLORES R,RANDLES J W,BAR JOSEPHM,et al.A proposed scheme for viroid classification and nomenclature[J].Arch Virol,1998,143:623-629.
- [6]ROSS HJ,DOMDEY H,LOSOWC,et al.Nucleiotide Sequence and sec-ondary structure of potatospindle tuberviroid[J].Nature,1978,273:203-208.
- [7]郭瑞,李峰,李明福,等.苹果锈果类病毒新疆分离物的核苷酸序列分析[J].农业生物技术学报,2007,15(6):1076-1077.
- [8]赵英,牛建新.梨树组织中的苹果锈果类病毒原位RT-PCR检测[J].分子植物育种,2008,6(4):812-818.
- [9]赵英,牛建新.新疆桃树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析[J].果树学报,2008,25(2):274-276.
- [10]郭瑞,李世访,董雅凤,等.苹果锈果类病毒辽宁分类物的克隆与序列分析[J].植物病理学报,2005,35(5):472-474.
- [11]NUSSINOV R,PIECZENIK G,GRIGGS J R,et al.Algorithms for loop matchings[J].SIAMJournal on Applied Mathematics,1978,35(1):68.
- [12]ZUKER M,STIEGLER P.Optimal computer folding of large RNA se-quence using the rmodynamics and auxiliary information[J].Nucleic Acids Res,1981,9(1):133.
- [13]CARYRB,STORMOGD.Graph-theoretic approachtoRNAmodelingu-sing comparative data[J].Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol,1995,3:75.
- [14]BILLOUD B,GUERRUCCI MA,MASSELOTM,etal.Cirripede phyloge-ny usinga novel approach:molecularmorphometrics[J].MolecularBiolo-gy and Evolution,2000,17:1435.
- [15]CAETANO-ANOLLG.Evolved RNAsecondary structure and the rooting of the universal tree of life[J].Journal of Molecular Evolution,2002,54(3):333.
- [16]CAETANO-ANOLL G,JOURNALS O.Tracing the evolution of RNA structure in ribosomes[J].Nucleic Acid Research,2002,30(11):2575.
- [17]史军伟,徐伟,徐玲玲,等.RNA二级结构分析方法及在植物系统学研究上的应用[J].九江学院学报,2008(3):78-83.
- [18]KENNEDY D.Breakthrough of the year[J].Science,2000,290:2255-2257.