昆虫纲与线虫纲miRNAs碱基组成特征分析Analysis on Characteristic of Base Composition of miRNA in Insecta and Rhabditida
朱善良;许琴;许晓风;
摘要(Abstract):
[目的]为全面认识miRNA的结构属性和miRNA基因识别策略的设计提供帮助。[方法]利用miRNA数据库,借助于相关的生物信息学软件和数据统计软件,对昆虫纲与线虫纲部分物种(黑腹果蝇、暗果蝇、西方蜜蜂、冈比亚疟蚊、秀丽线杆线虫、线虫种)的已知miRNA序列的碱基组成进行统计分析。[结果]6种生物的miRNA序列中,腺嘌呤(A)含量较为稳定,在碱基组成上AU含量高于GC含量。比较同一物种pre-miRNA与mat-miRNA间相同碱基含量发现,除黑腹果蝇pre-miRNA与mat-miRNA在胞嘧啶(C)的含量上存在显著差异外,其余均未见显著差异。[结论]推测miRNA碱基组成上AU含量高可能与其调控基因表达功能和物种的进化关系有关。
关键词(KeyWords): miRNA;碱基含量;生物信息学
基金项目(Foundation): 高等学校博士学科点专项科研基金项目(20050319009);; 江苏教育学院学术带头人培养基金项目(94901)
作者(Author): 朱善良;许琴;许晓风;
Email:
DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2008.12.036
参考文献(References):
- [1]何晨,谭军,陈薇.microNA研究进展[J].生物技术通讯,2005,16(6):674-676.
- [2]史传兵,郑杰.miRNA研究进展[J].细胞生物学杂志,2004,26(6):575-577.
- [3]姜鑫.生物信息学数据库及其利用方法[J].现代情报,2005(6):185-187.
- [4]陈薇,谭军,何晨.植物miRNAs前体的生物信息分析[J].Natural Sci-ence,2006,18(6):803.
- [5]程金花,包文斌,束婧婷.微小RNA及其研究进展[J].中国畜牧兽医,2006,33(11):44-46.
- [6]戴冰冰,卢健,王家敏.PI3KTmRNA 3非翻译区可能存在基因表达负调控区[J].中国生物化学与分子生物学报,2003,19(5):630-635.
- [7]陈丽媛,赵巧玲,沈兴家.家蚕地方品种线粒体基因组A+T丰富区的序列及分子进化分析[J].蚕业科学,2007,33(1):5-13.
- [8]杨良怀,吕丕明,陈立军.k-gram方法识别microRNA前体[J].生物化学与生物物理进展,2007,34(2):154-161.
- [9]SCHATTNER P.Searching for RNA genes using base-composition statistics[J].Nucleic Acids Res,2002,30(9):2076-2082.