安徽农业科学

2013, v.41;No.433(36) 13847-13850

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大豆基因组保守序列及综合保守序列扩增多态性分子标记(ICSAP)的设计
Conserved Sequence of Soybean Genome and Design of Integrative Conserved Sequence Amplified Polymorphism(ICSAP)

詹少华;韦传宝;

摘要(Abstract):

采用VBA程序查找了大豆基因组保守序列——在基因组中出现次数较多的碱基序列片段,分析了这类保守序列的基本特性,在此基础上,设计了一种新型分子标记——综合保守序列扩增多态性分子标记。碱基数目越多,保守序列种类数和出现次数越少,从10个碱基到27个碱基,保守序列的GC含量先是逐渐增加,达到一个平台后又逐渐降低。碱基离保守序列3’端越近,出现A或T的可能性越大,碱基在保守序列中的分布具有非随机性。不同长度的保守序列具有明显的进化关系。筛选出10个碱基的保守序列和长度为8个碱基的填充序列用来设计引物,共得到566对引物组合。该新型分子标记有望在条带多态性、引物一致性等方面超越现有分子标记,同时具有成本低廉等优点。该研究旨在为基因组保守序列查找和分子标记设计方面提供新的思路,分析这些保守序列特性有助于进一步探索分子进化机理。该新型分子标记有可能在大豆种质资源鉴定和基因图位克隆等方面得到应用,同时该分析方法也适用对其他物种。

关键词(KeyWords): 大豆;基因组勘探序列;保守序列;综合保守序列;综合保守序列扩增多态性

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 安徽高校省级自然科学研究重点项目资助(编号:KJ20-08A089)

作者(Author): 詹少华;韦传宝;

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DOI: 10.13989/j.cnki.0517-6611.2013.36.075

参考文献(References):

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