安徽农业科学

2012, v.40;No.367(06) 3234-3238

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DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响
Effects of Mapping Methods on Accuracy of Protein Coding Regions Prediction

马玉韬;张成;杨泽林;李琦;杨婷;

摘要(Abstract):

[目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN(Paired Numeric)法、EIIP(Electron-IoInteraction Potential)法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。

关键词(KeyWords): 预测准确率;蛋白质编码区;映射方法;加窗;窄通带滤波器

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 宁夏自然科学基金(NZ1024);; 宁夏高校科学研究项目(201027)资助

作者(Author): 马玉韬;张成;杨泽林;李琦;杨婷;

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