安徽农业科学

2010, v.38;No.312(23) 12306-12308+12327

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用最短路径传递共表达预测拟南芥基因功能
Predicting Arabidopsis thaliana Gene Function by Transitiving Co-expression in Shortest-path

史锋莉;黄继风;

摘要(Abstract):

提出基因之间传递共表达可作为一个重要因素来连接同一代谢通路中的基因,而同一代谢通路中的功能相似的基因都是高表达相关的。因此可通过求代谢通路下的最短路径,由同在一条最短路径上的与未知基因高表达相关的已知基因来预测未知基因的功能。通过用最短路径算法分析拟南芥代谢通路下的共表达数据对未知基因的功能进行预测,证明了此方法可以预测出拟南芥代谢通路下未知基因的功能,并验证了通过在代谢通路下求最短路径来预测基因功能的方法具有一定的可行性和有效性。

关键词(KeyWords): 最短路径;代谢通路;共表达;基因功能;拟南芥

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 上海市教育委员会教育科学研究项目(07ZZ60)

作者(Author): 史锋莉;黄继风;

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参考文献(References):

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